张江校区位于上海市浦东新区张江高科技园区张衡路，占地面积约21.7万平方米。校区于2003年11月开工，一期（张衡路825号）于2005年5月竣工，二期（张衡路826号）于2008年8月正式启用。

按照党中央“聚焦张江综合性国家科学中心建设，着力提升集中度和显示度”的号召，复旦大学积极对接上海科创中心建设，于2017年10月正式启动“张江复旦国际创新中心”建设，深度融入张江综合性国家科学中心和张江科学城建设。2019年12月6日，张江复旦国际创新中心揭牌。

目前校区内入驻微电子学院、药学院、专用集成电路与系统国家重点实验室、国家微电子材料与元器件微分析中心、人类表型组研究院、类脑人工智能科学与技术研究院、复杂体系多尺度研究院等学院和研究中心。张江复旦国际创新中心以国家中长期科学与技术发展纲要和上海市科创中心规划的战略方向为指引，聚焦集成电路、人工智能、生物医药三大领域，汇聚优势力量，开展全链条、有组织科研。承担国家、上海市“十四五”重大创新任务，着力解决国家重大科技领域卡脖子关键技术问题，实现前沿科学领域从0到1的突破，推动应用开发研究更多转化。全面融入国家实验室建设，积极推进和国家实验室的共建与合作，以贡献促共建，成为张江、临港、浦江国家实验室的重要力量。